(括號內為機構簡稱)
一、黨工委、管委會內設機構
中共惠州仲愷高新技術產業開發區工作委員會惠州仲愷高新技術產業開發區管理委員會綜合辦公室(惠州仲愷高新區黨工委管委會綜合辦公室/區綜合辦公室)
中共惠州仲愷高新技術產業開發區工作委員會惠州仲愷高新技術產業開發區管理委員會宣傳統戰辦公室(惠州仲愷高新區黨工委管委會宣傳統戰辦公室/區宣傳統戰辦公室)
中共惠州仲愷高新技術產業開發區工作委員會惠州仲愷高新技術產業開發區管理委員會黨建工作辦公室(惠州仲愷高新區黨工委管委會黨建工作辦公室/區黨建工作辦公室)
中共惠州仲愷高新技術產業開發區工作委員會惠州仲愷高新技術產業開發區管理委員會組織人事辦公室(惠州仲愷高新區黨工委管委會組織人事辦公室/區組織人事辦公室)
中共惠州仲愷高新技術產業開發區工作委員會惠州仲愷高新技術產業開發區管理委員會政法信訪辦公室(惠州仲愷高新區黨工委管委會政法信訪辦公室/區政法信訪辦公室)
惠州仲愷高新技術產業開發區管理委員會經濟發展和統計局(惠州仲愷高新區管理委員會經濟發展和統計局/區經濟發展和統計局)
惠州仲愷高新技術產業開發區管理委員會科技創新和投資促進局(惠州仲愷高新區管理委員會科技創新和投資促進局/區科技創新和投資促進局)
惠州仲愷高新技術產業開發區管理委員會財政國資金融局(惠州仲愷高新區管理委員會財政國資金融局/區財政國資金融局)
惠州仲愷高新技術產業開發區管理委員會市場監督管理局(惠州仲愷高新區管理委員會市場監督管理局/區市場監督管理局)
惠州仲愷高新技術產業開發區管理委員會城鄉建設和綜合執法局(惠州仲愷高新區管理委員會城鄉建設和綜合執法局/區城鄉建設和綜合執法局)
惠州仲愷高新技術產業開發區管理委員會農村工作局(惠州仲愷高新區管理委員會農村工作局/區農村工作局)
惠州仲愷高新技術產業開發區管理委員會應急管理局(惠州仲愷高新區管理委員會應急管理局/區應急管理局)
惠州仲愷高新技術產業開發區管理委員會社會事務管理局(惠州仲愷高新區管理委員會社會事務管理局/區社會事務管理局)
惠州仲愷高新技術產業開發區管理委員會教育文化衛生健康局(惠州仲愷高新區管理委員會教育文化衛生健康局/區教育文化衛生健康局)
二、市級派出機構
惠州仲愷高新技術產業開發區紀檢監察工作委員會(惠州仲愷高新區紀檢監察工委/區紀檢監察工委)
惠州市公安局仲愷高新技術產業開發區分局(市公安局仲愷高新區分局/區公安分局)
惠州市自然資源局仲愷高新技術產業開發區分局(市自然資源局仲愷高新區分局/區自然資源分局)
惠州市生態環境局仲愷高新技術產業開發區分局(市生態環境局仲愷高新區分局/區生態環境分局)
惠州市審計局仲愷高新技術產業開發區分局(市審計局仲愷高新區分局/區審計分局)
惠州市交通運輸局仲愷高新技術產業開發區分局(市交通運輸局仲愷高新區分局/區交通運輸分局)